从2011年起，全省高等院校和中等职业学校（含技工学校）的年度财务会计报告将由注册会计师进行审计。

据福建省财政厅会计处处长梁步腾介绍，全省公办高等院校和中等职业学校（含技工学校）每年向同级财政部门上报年度部门预算时，应提供由注册会计师出具的审计报告，财政部门以注册会计师出具的审计报告作为年度预算安排的依据之一。已纳入当年上级或同级政府审计机关或财政监督检查机关审计范围的学校，当年可不再由会计师事务所进行审计，但同时应提供由以上检查机关出具的检查报告作为年度预算安排的依据之一。未经注册会计师审计同时又不能出具审计或财政检查机关检查报告的财务会计报告，学校主管部门和财政部门不予受理。

审计的内容为院校年度财务会计报告（包括部门决算报表和相关年度会计报表及财务情况说明书）以及财政部门要求的其他内容。公办学校的决算报表根据财政部门年度决算报表体系分为主表和附表。

民办学校的年度会计报表按照国家规定的会计制度编制提供，包括资产负债表、业务活动表等。

各学校按照省财政厅、省审计厅《关于〈印发规范会计师事务所开展财政资金鉴证服务的若干暂行规定(试行)〉的通知》要求选择会计师事务所，具体的审计委托事项，由委托双方进行协商。

审计收费标准可根据省物价局制定的福建省会计师事务所服务收费有关标准下浮50%执行，具体收费标准由双方协商确定。主管部门及学校可通过部门所属学校统一招投标，以及一定三年包干审计等方式，降低审计收费成本。