高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其最近三个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营年限）的研究开发费用结构明细表和最近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。
如果申报企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）未经会计师事务所审计，应同时委托进行财务报表审计。
高新认定审计所需资料
企业法人营业执照（副本复印件）
税务登记证（国税、地税复印件）
开业验资报告、评估报告（复印件）
上年度审计报告（复印件）
章程、合同（复印件）
年度会计决算报表或中期报表（企业资产负债表、损益表、现金流量表及各种附表、财务情况说明书）
会计帐簿及会计凭证
会计科目余额表（1级到末级的期初、期末和累计发生额）
存货及固定资产盘点表
现金盘点表、银行对帐单及调节表（人民币、外币）
长期投资（被投资单位营业执照、章程、会计报表）
借款、贷款、投资合同、协议书（复印件）
纳税申报表及缴款书
项目立项书
专利及著作权等证书
2077年高新产品（服务）合同
《高新技术企业认定申请书》、《企业注册登记表》
企业科技人员和研究开发人员的劳动合同
技术创新活动证明材料，知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料
业务约定书及管理当局说明书（盖章）。
另外：三年研发费用表，收入表，和自测表
高新技术企业专项审计所需资料清单
最近3年资产负债表、损益表和现金流量表及附注
最近3年费用明细表，最近1年收入明细表
最近3年每月复印2笔凭证（含记账凭证和原始凭证）
企业年初1.1—年末12.31的科目余额表（最近4年）
最近1年期末固定资产盘点表、存货盘点表、库存现金盘点表
设立、变更验资（或评估）报告复印件（1份）
以前年度审计报告复印件（1份）
银行开户核准通知书复印件、银行账号一览表（1份）
期末银行存款对账单及余额调节表复印件（1份）
公司房屋、车辆产权证明复印件，房租协议复印件（1份）
长短期投资、短期投资、长短期借款和短期借款合同复印件（1份）
抵押担保资料复印件（1份）
企业财务制度复印件、企业内部控制制度复印件（1份）
企业涉税税种、税率一览表、纳税鉴定文件（减免税批复）复印件（1份）
纳税申报表及缴款书、发票使用情况汇总表
营业执照副本复印件、公司章程复印件、组织机构代码证副本复印件、税务登记证副本复印件、法定代表人身份证复印件、自然人股东身份证复印件、法人股东营业执照副本复印件（各1份）
企业办公地点房屋租赁协议或自有证明复印件（1份）
单位组织结构框架图、职工工资人数及月明细单
股东会、董事会重大决议等文件
相关收入、成本的重要合同
所有高新技术资料复印件、专利证书、软件著作权证书复印件、项目概况（分项目列示）
注：以上复印件需要加盖单位公章